Il CIAE e' presieduto e convocato, per il tramite della Segreteria del CIAE di cui all'articolo 2, comma 9, della legge, dal Presidente del Consiglio dei ministri o dal Ministro per gli affari europei o eventualmente dal Sottosegretario a cio' delegato.
L'ordine del giorno delle riunioni del CIAE e' stabilito dal Presidente del Consiglio dei ministri, o dal Ministro per gli affari europei o eventualmente dal Sottosegretario a cio' delegato.
A norma dell'articolo 2, comma 2, della legge alle riunioni del CIAE, quando si trattano questioni che interessano anche le Regioni e le Province autonome, partecipano il Presidente della Conferenza delle regioni e delle province autonome di Trento e di Bolzano o un Presidente di regione o di provincia autonoma da lui delegato e, per gli ambiti di competenza degli enti locali, i Presidenti delle associazioni rappresentative di questi ultimi.
Le linee generali, le direttive e gli indirizzi deliberati dal CIAE sono comunicati alla Presidenza del Consiglio dei ministri, al Ministero degli affari esteri e della cooperazione internazionale e ad ogni altro soggetto competente a rappresentare la posizione italiana in seno alle istituzioni e agli organismi dell'Unione europea e ad assicurare il puntuale adempimento degli obblighi derivanti dall'appartenenza dell'Italia all'Unione europea.