Il direttore generale svolge le funzioni proprie degli incarichi di funzioni dirigenziali generali secondo quanto previsto dagli articoli 16 e 19 del decreto legislativo 3 febbraio 1993, n. 29, e successive modifiche e integrazioni, e cura i rapporti con il Segretario generale della Presidenza del Consiglio dei Ministri e con i Dipartimenti e gli uffici della stessa Presidenza. Nello svolgimento di dette funzioni il Direttore generale si avvale di una segreteria particolare alle sue dirette dipendenze.
Per lo svolgimento dei compiti assegnati, l'Ufficio nazionale si articola in: ufficio di segreteria generale; ufficio del servizio civile e ufficio amministrativo, del personale, degli affari legali e del contenzioso. L'ufficio del servizio civile e' struttura di livello dirigenziale generale ed e' diretto da un dirigente generale ed articolato in servizi di livello dirigenziale. L'ufficio di segreteria generale e l'ufficio amministrativo, del personale, degli affari legali e del contenzioso sono strutture dirette da altro personale dirigente e sono articolati in servizi di livello dirigenziale. L'Ufficio nazionale dispone di sedi regionali, ubicate presso il commissariato del Governo ovvero, previe intese con le regioni e con le province autonome di Trento e di Bolzano, in altre strutture ubicate a livello regionale.
Con direttiva adottata ai sensi dell'articolo 5, comma 2, lettera e), della legge 23 agosto 1988, n. 400, il Presidente del Consiglio dei Ministri determina i principi e gli obiettivi delle convenzioni e degli accordi previsti dall'articolo 8 della legge, i criteri generali per la programmazione degli interventi dell'Ufficio nazionale, nonche' i parametri di valutazione delle attivita' e gli altri elementi da considerare nello schema della relazione annuale al Presidente del Consiglio dei Ministri, predisposta dall'Ufficio nazionale.