Il ministero si articola in dipartimenti, disciplinati ai sensi degli articoli 4 e 5. Il numero dei dipartimenti non puo' essere superiore a quattro, in relazione alle aree funzionali definite dal precedente articolo.
Il Ministero si articola in un numero non superiore a 16 direzioni generali e in uffici di funzioni dirigenziali di livello generale, alla cui individuazione e organizzazione si provvede ai sensi dell'articolo 4, nei limiti di posti di funzione individuati dalla pianta organica di cui al decreto del Presidente della Repubblica 26 marzo 2001, n. 177. La dotazione organica dei dirigenti di seconda fascia di cui alla tabella A allegata al citato decreto del Presidente della Repubblica n. 177 del 2001 e' ridotta di due unita'.
Il Ministero si avvale delle Capitanerie di porto, alle quali non si applica il disposto dell'articolo 11.
Sono istituiti a livello sovraregionale (( non piu' di )) dieci Servizi integrati infrastrutture e trasporti, di seguito denominati S.I.I.T., quali organi decentrati del Ministero delle infrastrutture e dei trasporti. Ogni S.I.I.T. e' articolato in due settori relativi, rispettivamente, all'area infrastrutture e all'area trasporti, a ciascuno dei quali e' preposto un dirigente generale, nominato ai sensi dell'articolo 19, comma 4, del decreto legislativo 30 marzo 2001, n. 165, e successive modificazioni. Al S.I.I.T. competente per le regioni Lazio e Abruzzo e' preposto un dirigente generale nominato ai sensi dell'articolo 19, comma 3, del citato decreto legislativo n. 165 del 2001. I S.I.I.T. svolgono funzioni di carattere tecnico, amministrativo, operativo e gestionale nell'ambito delle competenze di cui agli articoli 41 e 42, comprese le corrispondenti attivita' di servizio.
I S.I.I.T. possono promuovere e fornire, su base convenzionale, servizi di contenuto tecnico operativo e gestionale alle amministrazioni pubbliche, comprese quelle regionali e locali anche ad ordinamento autonomo, nonche' ai soggetti di cui alla legge 11 febbraio 1994, n. 109, e successive modificazioni e integrazioni, nel rispetto delle funzioni e dei compiti ad essi spettanti.
Con decreto del Presidente della Repubblica, da emanare ai sensi dell'articolo 17, comma 4-bis, della legge 23 agosto 1988, n. 400, su proposta del Ministro delle infrastrutture e dei trasporti, di concerto con il Ministro per la funzione pubblica e il Ministro dell'economia e delle finanze, sentite le organizzazioni sindacali maggiormente rappresentative, si provvede alla struttura organizzativa e funzionale dei S.I.I.T. e alla loro articolazione territoriale, secondo il criterio dell'efficiente dimensionamento delle strutture e dei corrispondenti bacini di utenza, utilizzando prioritariamente il personale assegnato agli altri uffici, anche al fine di incrementare la qualita' delle funzioni e delle attivita' rese nei confronti dei singoli, delle imprese e delle pubbliche amministrazioni appartenenti agli enti territoriali.
Dalla data di entrata in vigore del regolamento di cui al comma 2-quinquies sono soppresse le strutture periferiche del Ministero dei trasporti e della navigazione e del Ministero dei lavori pubblici.